Benoni apparaît vers 1881 à partir de terres encore non attribuées dans la région. Cette naissance difficile est la source de son appellation biblique, « ben oni », prénom hébreu donné par Rachel à son douzième fils, juste avant de mourir en couches, qui signifie « fils du malheur ». (Son père, Jacob, le renommera « Benjamin » ou « fils de la main droite). En septembre 1887, on y découvre de l’or. Ce sont des mineurs originaires de Cornouailles qui l’exploitent et la zone est un temps appelée « Little Cornwall » (les « Petites Cornouailles »). Sir George Farrar, directeur d’une compagnie minière, fait effectuer des travaux astucieux en 1904, qui amènent l’eau des mines vers des réservoirs et des étangs à la surface, qui sont encore exploités de nos jours pour les loisirs et la pêche. Benoni acquiert le statut de municipalité en 1907. En 1922, la grande grève des mineurs du Witwatersrand affecte sérieusement Benoni qui devient l’un des foyers de la contestation. Pendant l'apartheid (qui commence officiellement en 1948), les autorités font construire les townships noirs de Daveyton et Wattville, à proximité de Benoni qui demeure une enclave blanche. Le township d’Actonville accueille essentiellement des Indiens. Si l'apartheid a désormais officiellement disparu, le zonage demeure. Avec le recul de l’industrie minière, Benoni a dû s’adapter et s’ouvrir à l’industrie et aux services, ce qu’elle réussit à faire, profitant notamment de sa proximité avec l’aéroport international de Johannesburg. La ville tire aussi sa célébrité de l’actrice Charlize Theron, vainqueur d’un Oscar en 2003, qui est née à Benoni.